5 10x Genomics單平臺-標題圖

目前,越來越多的基因組研究使用Illumina測序系統,但是受讀長的限制,單獨使用該測序系統無法滿足組裝、結構變異、多態性等研究。在此基礎上,10x Genomics公司推出了GemCode平臺,通過條形碼信息將Illumina短序列再次連接,獲得更有研究價值的長片段信息。近期,10X Genomics還推出了升級版的Chromium系統,在GemCode的基礎上整合單細胞測序。每次實驗可分析1000至10000個細胞,增加了檢測稀有細胞的靈敏度和準確度。

小標題-技術原理-中
技術流程:

1.將樣本分配到100,000s到1000,000s微反應體系,每個微反應體系含有一種特定的DNA序列標記。
2.含有barcode信息的凝膠珠子首先與樣品和酶的混合物混合,然后與位于微流體“雙十字”連接中的油表面活性劑溶液結合。
3.GEMs (包含樣品、酶、凝膠珠子的混合物油滴)流到儲液器中并進行收集。凝膠珠子溶解釋放barcode序列,開始對樣本進行標記。將每個液滴中含有barcode信息的產物混合。然后構建標準測序文庫。

10x Genomics-技術流程-附圖

小標題-應用方向-中

1.基因組組裝:利用GemCode平臺對長片段序列進行擴增引入barcode序列以及測序接頭引物,然后將序列打斷成適合測序大小的片段進行測序,通過barcode序列信息將多個Reads進行組裝,獲得跨度在30-100Kb的linked-reads信息,從而獲得大片段的遺傳信息。

優勢:
通過該技術構建的文庫可與Illumina測序系統完美匹配,將短Reads組裝成長達100Kb的片段;
結合該技術后組裝效果較單獨使用Illumina數據最高可提升十幾倍;
精度高、成本低,操作難度小。

空白

2.單細胞轉錄組測序:基于10x Genomics最新Chromium?系統利用油包水的微反應體系,通過序列標簽區別群體中的不同細胞,獲得單細胞水平的數字化基因表達譜,可實現數千甚至數萬個單細胞群體分析,解決常規scRNA-seq方法在通量或擴展性方面存在的不足,為單細胞研究開拓新的思路。

優勢:
超高通量:單個樣本細胞檢測數最高可達1000-10000;
項目周期短:一天內即完成從細胞懸液到cDNA文庫構建所有的測序準備工作;
細胞捕獲效率高:單個細胞捕獲效率高達65%,可準確鑒別稀有細胞類型;
真正的單細胞測序:通過油滴-barcode-單細胞的對應關系,實現真正意義上的單細胞測序;
測序平臺兼容度廣:與Illumina各種型號的平臺高度兼容。